Le document d'objectifs (DOCOB) des sites a déterminé un certains nombre d'actions qu'il était nécessaire de mettre en place pour conserver ou restaurer le bon état de conservation des habitats et espèces.
Il s'agit par exemple de mettre en défend des espèces, débroussailler des milieux ouverts en manuel plutôt qu’en mécanique, d’entretenir la ripisylve (forêt de rivière), de créer des mares en faveur des espèces comme les chauves-souris, ...
Ces actions ont un coût parfois important qu'un propriétaire privé, une association, une collectivité ne peut pas forcément supporter. C'est pourquoi des contrats Natura 2000 (pour les surfaces non agricoles) et des mesures agro-environnementales et climatiques (MAEC) (pour les surfaces agricoles), prévoient une aide financière publique pour la réalisation de ces opérations.
Enfin, le DOCOB reconnait une série de "bonnes pratiques" qu'il est nécessaire de maintenir ou d'encourager. La Charte Natura 2000 propose des recommandations et engagements qui n'impliquent pas d'investissement financier mais reconnaissent des pratiques favorables aux habitats et espèces.
