Au travers des 2 directives européennes, les sites du réseau Natura 2000 protègent donc :
des habitats naturels (ou semi-naturels) devenus rares ou menacés sur le territoire européen (liste et critères en annexe 1 de la directive « Habitats-Faune-Flore » CEE92/43),
des espèces rares ou menacées et leurs milieux de vie (liste et critères en annexe 2 de la directive « Habitats-Faune-Flore » CEE 92/43, et annexe 1 de la directive « Oiseaux » CEE 79/409).
Les espèces visées par les annexes de ces 2 directives sont dites "d'intérêt communautaire". Elles peuvent justifier la désignation d'un site Natura 2000 pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
l'espèce est "en danger" de disparition,
l'espèce est "vulnérable", c'est-à-dire que son passage dans la catégorie des espèces "en danger" est jugé probable dans un avenir proche en cas de persistance des facteurs qui sont cause de la menace,
l'espèce est "rare", c'est-à-dire que ses populations sont de petite taille et que, bien qu'elles ne soient pas actuellement en danger ou vulnérables, risquent de le devenir,
l'espèce est "endémique", c'est-à-dire qu'elle est présente uniquement sur un territoire bien particulier et en général, restreint. Ces espèces requièrent une attention particulière en raison de la spécificité de leur habitat.
